通灵兽的选择受到多重因素限制，包括角色属性匹配、资源获取难度、战斗定位需求以及系统解锁条件。这些限制决定了玩家无法随意搭配通灵兽，需要根据游戏机制进行策略性选择。理解这些限制有助于优化战斗表现，提升游戏体验。
通灵兽与角色属性的匹配是首要限制条件。游戏中的通灵兽分为攻击型、防御型和辅助型三类，每类对应不同的战斗风格。例如火属性角色更适合搭配蛤蟆吉等攻击型通灵兽，而医疗型角色则与蛞蝓这类治疗型通灵兽契合度更高。系统会根据角色特性推荐适配的通灵兽，强行搭配不匹配的类型会导致技能效果衰减。部分高阶通灵兽还存在专属角色限制，如九尾妖狐仅限鸣人使用。
通灵兽需要通过契约卷轴修炼、铜币激活或VIP特权解锁等方式获取。高阶通灵兽如猿魔、乌鸦等需要消耗大量通灵丸和仙人卷轴培养，平民玩家往往需要长期积累资源。游戏设置了碎片收集机制，某些稀有通灵兽需要集齐80-100个碎片才能激活，这决定了玩家前中期只能使用基础通灵兽。
PVE副本中群体伤害型通灵兽如蓝蛇更具优势，而PVP对决则需优先选择控制型通灵兽。系统限定每场战斗只能携带3个通灵兽，迫使玩家根据敌方阵容进行取舍。部分通灵兽技能存在冷却时间限制，如忍犬突袭后有15秒间隔期，这要求玩家精确计算召唤时机。
通灵兽通过符文强化和天赋树提升能力，但每只通灵兽有独立的培养上限。蓝色品质通灵兽最多可升至5级天赋，而橙色品质可达10级。玩家需要合理分配有限的通灵经验值，过度分散资源会导致主力通灵兽强度不足。系统还设置了追打技能解锁条件，必须完成特定忍考关卡才能激活高阶技能。
游戏鼓励通灵兽与忍者技能形成追打连击，如忍犬浮空后衔接体术攻击可触发额外伤害。不同通灵兽之间存在克制关系，蛇类通灵兽对蛙类有属性压制。后期关卡要求玩家组建包含治疗、输出、控制的全能通灵兽阵容，单一类型通灵兽难以应对复杂战局。
