在少年三国志的后期阶段，阵容搭配的核心在于武将特性、阵营协同和缘分体系的综合运用。后期战斗对武将的属性和技能要求更高，因此需要深入了解每个武将的定位，包括输出、防御、控制和辅助等角色。阵营加成和缘分效果能够显著提升整体战斗力，例如蜀国的五虎将组合可以激活强大的属性加成和合体技能，而魏国和吴国的阵营协同也能带来可观的收益。合理分配资源培养核心武将，同时保持队伍平衡，是后期阵容构建的基本原则。
魏国后期阵容通常以高爆发和防御见长，司马懿、郭嘉、夏侯惇、甄姬和典韦是常见的组合。司马懿作为核心输出，搭配郭嘉的控制和甄姬的治疗，能够形成攻守兼备的体系。夏侯惇和典韦则提供坚实的前排防御，确保队伍在高压战斗中保持稳定。神兵的选择也至关重要，例如司马懿搭配苍叶绿绮琴，郭嘉使用丈八蛇矛，典韦装备龙胆亮银枪，这些搭配能最大化武将的技能效果。
蜀国后期阵容以单体爆发和持续输出为主，马超、关羽、赵云、黄忠和刘备是典型代表。马超和关羽的高额伤害配合赵云的灵活输出，能够在短时间内击溃敌方关键目标。刘备的辅助能力为队伍提供续航保障，而黄忠的远程攻击则弥补了蜀国在群体伤害上的不足。需蜀国武将的生存能力较弱，因此需要合理利用控制和闪避机制来弥补这一短板。
吴国擅长灼烧和持续伤害，周瑜、孙坚、太史慈、吕蒙和大乔的组合能够通过叠加灼烧效果消耗对手。群雄则以闪避和生存能力著称，张角、于吉、公孙瓒、华佗和董卓的搭配能利用高闪避率和控制技能打持久战。这两类阵容在面对特定敌人时表现尤为突出，但需要玩家根据战斗场景灵活调整。
后期阵容的构建还需要考虑战斗场景的多样性。竞技场需要均衡的攻防体系，而副本和跨服战则更依赖针对性策略。面对高防御敌人时，破防技能和持续伤害更为有效；而在速攻战中，爆发型武将和先手控制则更具优势。武将的培养优先级应根据阵容需求决定，核心输出和关键辅助应优先投入资源，以确保队伍的整体强度。
